Po pierwsze trzeba doprecyzować co Szkoła Doktorska rozumie jako publikację, czyli czego dotyczy pytanie (czy chodzi o publikację naukową, utwór, wydanie).

Można to interpretować różnie:

• Doktorat jest utworem w rozumieniu ustawy o prawie autorskim niezależnie czy ma ISBN, ISSN czy DOI. W rozumieniu Rozporządzenia Ministra Nauki I Szkolnictwa Wyższego w sprawie ewaluacji jakości działalności naukowej doktorat nie jest publikacją naukową nawet jak ma DOI, bo nie ma m. in. ISBN i nie jest publikacją książkową (wiąże się to z rozporządzeniem MNiSW w sprawie danych przetwarzanych w Zintegrowanym Systemie Informacji o Szkolnictwie Wyższym i Nauce POL-on, gdzie wymagany jest m. in. ISBN dla monografii). Jednak doktorat opublikowany jako cykl artykułów naukowych, to każdy z artykułów jest publikacją naukową. Doktorat wydany po obronie jako książka z ISBN spełnia definicję publikacji naukowej w rozumieniu rozporządzenia (jak nie zostanie wydany, to tak jak wyżej).
• Natomiast doktorat upubliczniony w internecie, ale nie wydany (nie ma ISBN itp.), nie będzie publikacją naukową w rozumieniu rozporządzenia, ale można go uznać za jakąś formę publikacji.

DOI i publikacja to dwie różne sprawy - jeśli mamy na myśli publikację naukową. Taka publikacja musi spełniać pewne wymogi (chociażby mieć bibliografię...). Zaś nr DOI można nadać dowolnemu obiektowi cyfrowemu, jak nazwa wskazuje. Nadając doktoratowi DOI i umieszczając go w repozytorium łatwiej go będzie znaleźć w sieci, ale publikacja naukowa to nie jest. 

Reasumując jeśli pytanie brzmi, czy nadanie DOI i upowszechnienie doktoratu stanowi jego publikację - tak, ale jeśli pytanie brzmi, czy doktorat poprzez nadanie DOI staje się publikacją (naukową) - nie.